Delegatura prowincjalna w Ugandzie
Prowincja macierzysta:
Prowincja św. Antoniego i bł. Jakuba Strzemię w Polsce (Kraków)

Już od 1989 r. mówiło się w Zakonie o możliwości otwarcia misji w Ugandzie. W 2000 r., po różnych inicjatywach sekretarzy generalnych ds. misji, kapituła prowincjalna prowincji krakowskiej przejęła odpowiedzialność za tę misję. Pod koniec tamtego roku projekt uzyskał aprobatę definitorium generalnego. Bracia z prowincji krakowskiej rozpoczęli swoją obecność w diecezji Kasana Luweero, 90 km na północ od stolicy Kampali.
Do jurysdykcji należy 12 profesów wieczystych i 16 profesów czasowych. W jej skład wchodzą 3 klasztory.

Kakooge: klasztor i parafia św. Judy Apostoła
Data erygowania klasztoru: 25 marca 2003 r.
Bracia rozpoczęli swoją obecność w Kakooge w 2001 r. Obsługują parafię i 14 kaplic. Opiekują się duchowo dużą szkołą podstawową założoną przez braci szkolnych. W 2009 r. otworzyli szpital (Health Centre) w rejonie dotkniętym przez HIV i wiele innych chorób; jest on prowadzony we współpracy z małymi siostrami św. Franciszka i stanowi wielkie wsparcie dla ludności. Jest ponadto szkoła zawodowa, instytut techniczny im. św. Jana Pawła II. Od 2021 r. istnieje również dom postulatu.

Matugga: klasztor Niepokalanego Poczęcia i parafia św. Franciszka z Asyżu
Data erygowania klasztoru: 8 grudnia 2012 r.
Bracia rozpoczęli swoją obecność w Matugga w 2010 r., miejscowości odległej 30 km od stolicy. Prowadzą duszpasterstwo w parafii i 9 kaplicach, a ponadto oferują animację duchową w szkole podstawowej wybudowanej przez „Caritas Antoniana”. Promują też dzieła charytatywne przy pomocy osób świeckich i młodzieży. Dziś na terenie parafii bracia wybudowali szpital, który jest wielką pomocą dla miejscowej ludności.

Kampala – Munyonyo: klasztor św. Franciszka z Asyżu i sanktuarium męczenników ugandyjskich
Data erygowania klasztoru: 22 października 2017 r.
W 2017 r. arcybiskup Kampali poprosił braci o rozwój i promocję miejsca, gdzie w 1886 r. zamęczono św. Andrzeja Kaggwę (patrona katechetów), św. Dionizego Ssebugwawo (patrona chórów) i św. Poncjana Ngondwe (patrona żołnierzy), gdzie rozpoczęła się również droga do męczeństwa św. Karola Lwangi i jego towarzyszy.
Po erygowaniu sanktuarium w Munyonyo (za sprawą braci) duszpasterstwo zostało powierzone Zakonowi. W 2019 r. sanktuarium, konsekrowane przez kard. Roberta Saraha, stało się bazyliką mniejszą. Zakonnicy służą tutejszym chrześcijanom (w parafii), a także licznym pielgrzymom do świętego miejsca, uświęconego szlachetną krwią męczenników, którzy oddali tu swoje życie. Obok sanktuarium wzniesiono klasztor, a 8 stycznia 2023 r. erygowano dom postnowicjacki dla filozofii.

Franciszkańskie Centrum Misyjne
Sekretariat generalny ds. animacji misyjnej